据说小昭寺是由文成公主主持、并由公主从内地带来的建筑师修建的，所以小昭寺的早期建筑系仿汉唐风格。大门朝东，以寄托公主对家乡父母的思念寺庙取名“甲达热木齐祖拉康”，意为“汉虎神变寺”。拉萨当地人管这儿叫做“热木齐”，意思就是“汉人的”。

小昭寺历史上几经火焚，现存的小昭寺的建筑大多是后来重修的，只有底层神殿是早期的建筑，殿内的10根柱子依稀可见吐蕃遗风：上面镂刻着莲花，并雕有花草、卷云以及珠宝、六字真言。